Identifikasi VNN dengan Metode PCR pada Ikan Kerapu Cantang (E. fuscoguttatus × E. lanceolatus): Studi Kasus di BPBAP Situbondo

Abstrak

Viral Nervous Necrosis (VNN) yang disebabkan oleh betanodavirus merupakan ancaman serius bagi budidaya ikan kerapu cantang (Epinephelus fuscoguttatus × E. lanceolatus), dengan tingkat kematian mencapai 100% pada stadia larva dan juvenil. Penelitian ini bertujuan mengembangkan protokol deteksi VNN berbasis Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan nested PCR di Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP) Situbondo, Jawa Timur, selama Februari–April 2024. Metode yang digunakan meliputi nekropsi untuk pengambilan sampel otak dan mata, ekstraksi RNA dengan metode silica-based, amplifikasi dua tahap (RT-PCR dan nested PCR), serta visualisasi hasil melalui elektroforesis gel agarose 1,2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 10 sampel ikan kerapu cantang yang diuji, 2 sampel (20%) positif terinfeksi VNN dengan terdeteksinya pita DNA spesifik berukuran 294 bp. Protokol yang dikembangkan terbukti memiliki sensitivitas tinggi (nilai CT 18–22 siklus) dan spesifisitas optimal tanpa hasil false positive. Analisis temporal mengindikasikan pola infeksi periodik dengan interval 8 minggu. Temuan ini mengonfirmasi endemisitas VNN di BPBAP Situbondo dan menyoroti pentingnya deteksi dini untuk mencegah wabah masal. Penelitian ini merekomendasikan implementasi protokol ini sebagai bagian dari sistem surveilans penyakit berbasis molekuler, serta pengembangan lebih lanjut menggunakan quantitative PCR (qPCR) untuk analisis kuantitatif. Hasil studi diharapkan dapat mendukung program pengendalian VNN dalam budidaya kerapu cantang secara berkelanjutan.