Morphological and Molecular Identification Using the Cox1 Gene in Wild Populations of Gracilaria sp. from Ekas Hamlet

Salman Alrasyid Salman Alrasyid; Nirwana Haqiqi; Mursal Ghazali; Nur Indah Julisaniah; Tri Wahyu Setyaningrum; Eka Sunarwidhi Prasedya

Authors

Salman Alrasyid Salman Alrasyid Universitas Mataram
nirwana haqiqi Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mataram, Mataram, Indonesia
Mursal Ghazali Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mataram, Mataram, Indonesia
Nur Indah Julisaniah Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mataram, Mataram, Indonesia
Tri Wahyu Setyaningrum Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mataram, Mataram, Indonesia
Eka Sunarwidhi Prasedya Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Mataram, Mataram, Indonesia

Keywords:

Morphological Identification, Molecular Identification, Cox1 Gene, Gracilaria sp, Ekas

Abstract

Ekas yang terletak di Kabupaten Lombok Timur merupakan sentra budidaya rumput laut. Salah satu rumput laut yang terdapat di perairan Ekas adalah genus Gracilaria . Rumput laut merupakan organisme dengan plastisitas fenotipe yang tinggi sehingga karakter morfologinya mudah berubah. Selain identifikasi morfologi, identifikasi molekuler juga dilakukan sebagai alternatif yang lebih akurat. Cox1 merupakan salah satu gen pada DNA mitokondria yang digunakan dalam penentuan genetika organisme, khususnya genetika rumput laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hasil identifikasi Gracilaria sp. secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi mengacu pada buku identifikasi, AlgaeBase, dan jurnal terkait. Analisis data menggunakan program ChromasPro dan BioEdit. Hasil data fasta di-blast pada web NCBI untuk menentukan spesiesnya. Hasil fasta juga digunakan dalam analisis filogeni untuk mengetahui informasi kekerabatan sampel penelitian dengan sampel data di NCBI. Pada penelitian ini diperoleh 1 sampel penelitian pada 1 titik sampling. Hasil identifikasi morfologi diidentifikasi sebagai Gracilaria edulis dan hasil identifikasi molekuler dengan serangkaian analisis bioinformatika juga dikonfirmasi sebagai Gracilaria edulis . Gracilaria EKS_035 memiliki kekerabatan terdekat dengan G. edulis KY995636.1 Filipina, H. edulis JQ026083.1 Malaysia dan G. edulis KY995635.1 Filipina.